Das 'Schifffahrtsmuseum Flensburg' ist ein 1979 gegründeter, 1984 eingeweihter Zweigbetrieb des Städtischen Museums im ehemaligen Zollpackhaus an der Schiffbrücke. Es war ein Höhepunkt der 700-Jahrfeier der Stadt, zu der das vom 'Verein Museumshafen' mit seinen historischen Segelschiffen und einer nachgebauten Segelschiffswerft wieder zum Leben erweckt worden ist.